El film comienza en un escenario al norte de Texas alrededor del año 35 000 AC. 2 hombres primitivos asesinan a una extraña criatura (parecida a un reptil) en una cueva de hielo. La bestia, mortalmente herida, supura sangre negra, la cual salpica a uno de los nativos.

La sangre aparenta tener vida propia, se desliza por la boca y ojos de el hombre por lo que deja caer su antorcha dejando escapar un espantoso grito, inmediatamente la escena cambia a la entrada de la caverna. Unos niños juegan afuera, es el mismo lugar pero ahora estamos en el presente. Uno de los niños cae en la caverna, encuentra el craneo de el mismo hombre que tiene la sangre negra de la extraña criatura. Una semana despues en un edificio federal cercano a Dallas Texas, una enorme explosion hace volar el auto del agente Mulder por los aires, despues vemos salir a FM cubierto de vidrios pero sin mayores daños.

Mulder recibe informacion del Dr. Al Kurtzweil, un amigo de su padre en el Departamento de Estado. Este hombre afirma que ciertos oficiales del gobierno mantienen una conspiracion con alienigenas, -con lo cual esperan salvar sus vidas. La explosion fue parte de un encubrimiento para intentar destruir evidencia de la mision de estos alienigenas de acabar con el genero humano por medio de un virus letal, el cual es transmitido a traves de las ya famosas abejas. En un tierno momento Mulder y Scully estan a punto de besarse, los shippers estaran saltando de gusto cuando despues de 5 años finalmente ambos junten sus labios, de repente el momento se ve violentamente interrumpido cuando una abeja portadora pica a Scully, mientras es transportada en la ambulancia cae en shock, en lo que Mulder ayuda a su compañera recibe un disparo del conductor, el cual es un miembro del grupo, que ahora tiene a Scully en sus manos. Mulder es llevado al hospital, pero tan pronto recobra el conocimiento sale del hospitral para rescatar a Scully. Un Mulder herido viaja a la Antartida despues de averiguar que Scully ha sido transportada hacia alla...

La pelicula termina en Tunisia.